考慮到食品檢測的不確定性，現階段檢測標準的執行難免會出現各種問題。然后我們國內的離子色譜儀生產廠家上海歷元總結了離子色譜儀在食品檢測中的應用，包括硝酸鹽、低聚半乳糖和獸藥殘留的檢測。
離子色譜法測定食品中的亞硝酸鹽和硝酸鹽
在檢測食品中的亞硝酸鹽和硝酸鹽，如嬰兒米糊、火腿腸等樣品時，國內離子色譜儀制造商上海歷元為客戶積累了豐富的問題處理經驗，針對不同類型的樣品有一系列詳細的解決方案。結合緊湊型離子色譜的優點，提高了亞硝酸根檢測的靈敏度。類似的方法也可用于檢測溴酸鹽、碘化物等。
離子色譜-質譜可用于檢測氨基糖苷類獸藥殘留。
隨著檢測法規的完善，各種質譜方法在食品檢測中的應用越來越多。與傳統液相相比，離子色譜儀在分離極性強、易電離的農殘和動物殘方面有天然優勢，抑制器具有脫鹽能力，可以更好地與質譜兼容。
依托離子色譜-質譜聯用的方法，使用氨基糖苷類抗生素分離柱，使用離子色譜電解膜抑制器去除的離子對試劑，進入質譜進行檢測，分析時間可縮短50%，同時靈敏度可大大提高。
離子色譜法測定乳制品中的低聚半乳糖
因為低聚半乳糖的含量是根據檢測出的低聚半乳糖含量來計算的，而奶粉中50%的乳糖酶也會產生半乳糖，所以無法準確檢測出低聚半乳糖的含量。嬰幼兒配方奶粉的生產商需要進行質量控制。
利用分離能力強的糖柱，以低聚半乳糖為對照品，可以直接檢測乳制品中低聚半乳糖的含量。
